第二軍醫大學藥學院始建于1949年，是全軍唯一能培養各種層次藥學人才的教學科研基地，其前身是國內開展藥學教育最早的學校，有百年歷史。半個多世紀以來，為軍隊與地方培養輸送了數以萬計的藥學專業人才。
藥學院地處國際化大都市——上海，環境整潔優雅。現有教學、科研、辦公用房總建筑面積達2.1萬m2，一個培育700余種植物的藥用植物園和藥用植物暖房。擁有600兆和300兆核磁共振儀各1臺、超高效液相色譜與高分辨串聯質譜聯用儀1臺，刀片服務器及網絡系統1套，藥物分子設計軟件及數據庫2套，激光共聚焦顯微鏡1臺、流式細胞儀1臺、液相色譜儀30多臺，液相-質譜聯用儀6臺等多種大型儀器，設備總值近1億元。
學科建設方面，藥學一級學科是國家重點學科(2007年評選，全國僅四家)。2012年國家學科評估中，藥學一級學科在全國排名第五。藥學院于1995年建成藥學博士后流動站，1998年被評為藥學一級學科博士點，擁有藥理學、藥物化學、藥劑學、藥物分析學、生藥學、微生物與生化藥學、藥事管理學7個學科。藥理學科2001年被評為國家重點學科，2007年再次入選國家重點學科;2007年藥物化學學科繼被評為上海市重點學科后，又被評為國家重點學科;2003年藥物分析實驗室被評為上海市藥物(中藥)代謝研究重點實驗室，2006年建成軍隊特需藥品研發與生產中試基地，2010年特殊環境藥物研究實驗室被評為軍隊醫學專業重點實驗室，2010年成立上海活性天然產物制備工程技術研究中心。
為了促進相關工作的開展、保障用電與實驗室實驗設備的的安全，第二軍醫大學藥學院于2014年實驗設備都選配由上海伍麥電子提供的數臺 APC和山特UPC不間斷電源系統。其中伍麥30KVA一臺，由伍麥電子提供的山特和APC機器數臺用于實驗分析儀設備。
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